Cientista em Modelagem e Otimização

Descrição

Resumo: A Deep Origin procura um Especialista em Modelagem e Otimização Numérica para construir e otimizar sistemas de simulação biológica em larga escala destinados a previsões de toxicologia em humanos completos. Pontos principais: 1. Acelerar a descoberta de fármacos por meio de ferramentas impulsionadas por IA. 2. Desenvolver abordagens de simulação e otimização para modelos biológicos. 3. Trabalhar com estruturas de computação de alto desempenho e distribuída. A Deep Origin é uma empresa de biotecnologia que acelera a descoberta de fármacos por meio de ferramentas impulsionadas por IA. Nossas plataformas simplificam a pesquisa e desenvolvimento (P&D), simulam processos biológicos e capacitam cientistas a resolver doenças e prolongar o período saudável de vida. Estamos buscando recrutar um especialista em modelagem e otimização numérica com experiência em Biologia de Sistemas, Farmacologia Quantitativa de Sistemas e/ou Toxicologia. Você ajudará a construir abordagens de simulação e otimização de parâmetros para sistemas em larga escala de modelos biológicos, que incluem componentes de modelos mecanicistas e de aprendizado de máquina, utilizados em previsões de toxicologia em humanos completos. Além disso, você trabalhará na simulação e otimização eficientes do sistema de modelos em escala, incluindo o uso de computação de alto desempenho e estruturas de computação distribuída. **Requisitos** * Graduação ou mestrado em uma área quantitativa relevante (Biologia, Ciência da Computação, Matemática, Física, Engenharia, etc.). * Experiência na construção e parametrização de modelos biológicos, seja por aprendizado de máquina ou mecanicistas. * Amplo conhecimento prático em programação em Python. * Experiência em computação de alto desempenho e/ou sistemas distribuídos. * Experiência em algoritmos de otimização e considerações numéricas. * Experiência em abordagens clássicas de aprendizado de máquina, como métodos baseados em árvores, redes neurais perceptrons multicamadas (MLPs), etc. **Responsabilidades:** * Construir estruturas de software para conectar, executar e parametrizar de forma contínua sistemas em larga escala de modelos biológicos, variando desde a escala fisiológica até a molecular. * Colaborar com a equipe de Simulações Celulares da Deep Origin e com toda a empresa para desenvolver interfaces para submodelos em diversas escalas, que representem processos biológicos relevantes à fisiologia e à toxicologia, a fim de incorporá-los à estrutura mencionada acima. * Incorporar métodos interpretáveis de aprendizado de máquina no sistema de modelos, quando apropriado, para ajudar a capturar interações não representadas e calibrar os resultados experimentais ou clínicos. * Planejar e organizar o trabalho para garantir o cumprimento de prazos e marcos específicos, coordenando-se com outras pessoas para assegurar que o trabalho esteja adequadamente alinhado e integrado aos demais esforços. * Comunicar-se eficazmente dentro da empresa e com equipes externas, atualizando regularmente os colegas sobre o andamento do trabalho e eventuais obstáculos. **Desejável:** * Experiência em modelagem de vias celulares ou de órgãos, com finalidades de descoberta de fármacos ou toxicologia. * Experiência na criação de modelos substitutos (surrogate models) de sistemas biológicos, utilizando abordagens analíticas ou baseadas em aprendizado de máquina. * Experiência em interpretabilidade e análise de sensibilidade de modelos mecanicistas e de aprendizado de máquina. * Experiência em computação com GPU, C e C\+\+.